The 1st International BioPAX Symposium
Biological pathways:communication and analysis
パスウェイ・インフォマティクスの未来と可能性
新たな知識基盤の構築
会　場： 独立行政法人 産業技術総合研究所 臨海副都心センター別館 バイオ・IT融合研究棟11階
開催日： 2005年11月18日（金）
主 催 ： 科学技術振興機構 バイオインフォマティクス推進センター
文科省科研費 特定領域研究「生命システム情報」
U.S. Department of Energy
共 催 ： 日本バイオインフォマティクス学会 オントロジー研究会
独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
実行委員会
高木 利久　東京大学　　福田 賢一郎　独立行政法人 産業技術総合研究所
クリス・サンダー　Memorial Sloan-Kettering Cancer Center　　ゲイリー・ベイダー　Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
ご挨拶 プログラム 参加事前登録 アクセス お問い合わせ
ご　挨　拶
 高木　利久 たかぎ　としひさ
 東京大学大学院新領域創成科学研究科 教授
 独立行政法人科学技術振興機構
 バイオインフォマティクス推進センター副統括
　生命システムの挙動を計算機上で再現・予測するニーズが高まる中で、その静的な分子機序を記述したパスウェイ知識は生命科学の知識基盤としてますます注目を集めるようになっています。
　 文献などで共有してきた知識を電子化するために、これまで多くのパスウェイデータベースが構築されてきました。しかしながら、それぞれのデータベースが独自フォーマットに基づいているためパスウェイデータの集約や汎用のパスウェイ解析ツールの開発が難しく、パスウェイデータの利用は敷居の高いものでした。
　 BioPAXはこのような背景から誕生した、パスウェイデータフォーマットの標準化を目指すオープンコミュニティーです。日米欧などのパスウェイ・インフォマティクスに携わる研究者で構成され、多くのパスウェイデータベースデベロッパー、データコンシューマーの賛同の下にすでに代謝パスウェイ、タンパク質間相互作用のフォーマットがそれぞれBioPAX Level1、Level2として公開されています。
　 この度、11月18日（金）にBioPAXの仕様策定に係った主要な研究者を招いた国際パスウェイシンポジウムを開催する運びとなりました。BioPAXのみならずシステムズバイオロジーなど関連研究を含め、パスウェイ・インフォマティクスの最新の成果を聞くことのできる絶好の機会となります。皆様お誘いあわせの上、是非ご参加ください。
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Progmra
  9:30- 9:40 Welcome/Introduction
 Session 1: BioPAX Academic Institutions 1
  9:40-10:10 BioPAX Overview and Applications (tentative)
Gary Bader, Michael Cary, MSKCC
10:10-10:40 BioPAX and aMAZE, Comparison of Two Model for Biological Processes
  Christian Lemer, Free University of Brussels
10:40-11:10 The PATIKA Ontology, Modeling Language and Exchange Facilities
  Ugur Dogrusoz, Bilkent University
  Break 11:10-11:20
 Session 2: BioPAX Academic Institutions 2
11:20-11:50 Reactome - Knowledgebase of Biological Processes
  Imre Vastrik, EMBL-EBI
11:50-12:20 INOH Database・Pathway Data and Pathway Ontologies
Ken I Fukuda, CBRC, AIST
  Lunch Break 12:20-13:30
13:30-14:30 Keynote Lecture
Chris Sander, Director of the Computational Biology Center,
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center
 Session 3: BioPAX Private Sector
14:30-15:00 Millennium Pharmaceuticals Pathway Database Project (tentative)
Alan Ruttenberg, Millennium Pharmaceuticals
15:00-15:30 Representation of Entities, Interactions and Pathways in the Transpath Database
Frank Schacherer, Biobase
  Break 15:30-15:45
 Session 4: Pathway Projects in Japan
15:45-16:15 KEGG for Integrating Genomic and Chemical Information
Susumu Goto, Kyoto University
16:15-16:45 ARM Database for Interactive Metabolic Maps
Masanori Arita, Tokyo University
16:45-17:15 Pathway Modeling and Simulation on Petri Net Based Formalization
Hiroshi Matsuno, Yamaguchi University
  Break 17:15-17:30
 Session 5: Systems Biology
17:30-18:00 SBML and Pathways (tentative)
Michael Hucka, Caltech
18:00-18:30 The BioModels DB (tentative)
Nicolas Le Novère, EBI
* (tentative)と記載されている講演タイトルは仮題です。
* 全ての講演には英日の同時通訳が入ります。
* BioPAX Level3仕様策定のためのワークショップが11/16（水）、17（木）に同じ会場で 開催されます。
ご興味のある方は、pathway_symposium@m.aist.go.jpまでご連絡ください。
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<参加事前登録>
事前登録は締切りとさせていただきました。

本シンポジウムへは多数のお申込をいただいており、会場の都合上、当日登録は若干数のみの受付とさせていただきます。
ご参加をご希望される方は、お早目に当日、会場へお越しくださいませ。
お手数をおかけいたしますが、当日登録をご希望する旨を pathway_symposium@m.aist.go.jp へご連絡いただけますと幸いです。
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<アクセス>
MAP
独立行政法人 産業技術総合研究所 臨海副都心センター別館 バイオ・IT融合研究棟
●新交通ゆりかもめ：
「テレコムセンター」駅下車、徒歩4分
「船の科学館」駅下車、徒歩5分
●東京臨海高速鉄道りんかい線：
「東京テレポート」駅下車、徒歩15分
●無料巡回バス：
臨海副都心内を巡回する便利な無料バスがあります。
時刻表はバス停にてご確認ください。　
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<本件に関するお問い合わせ>
BioPAX国際シンポジウム実行委員会
〒135-0064 東京都江東区青海2-42
独立行政法人 産業技術総合研究所 臨海副都心センター別館 バイオ・IT融合研究棟
生命情報科学研究センター
Tel： 03-3599-8080　Fax： 03-3599-8081
E-Mail： pathway_symposium@m.aist.go.jp
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